prawidłowo "befinden sich", bowiem mówisz o dwóch rzeczach, a więc liczba mnoga.
poza tym należy użyc rodzajnika: In der Kirche befindet...
Nie wiem, jaki kontekst zdania, ale ja napisałbym "In der Kirche befindet sich ein Altar und ein Duplikat des Bildes.
Jednak w praktyce, często używa się befindet sich, np. w mowie potocznej, np mówisz:
Dort befindet sich die Polizei... und das Gefängnis.
W pierwszej chwili mówiący nie zastanawiał się nad tym, ze powie również o więzieniu, wpadł na to po chwili (stąd te kropki).
Można by spekulować nad tym czy to błąd... Ale...
pzdr.